弥补亏损是企业所得税汇算清缴不可回避的一项工作，实务操作中，不同项目有不同的税务处理方法，需引起注意。
企业筹办期间亏损年度的确定
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）明确，企业自开始生产经营的年度，为开始计算企业损益的年度。企业从事生产经营之前进行筹办活动期间发生筹办费用支出，不得计算为当期的亏损，应按《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函〔2009〕98号）第九条规定执行，即开（筹）办费未明确列作长期待摊费用，企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除，也可以按照有关长期待摊费用的处理规定处理，但一经选定，不得改变。
核定征收改为查账征收方式弥补亏损
纳税人由查账征收方式改为核定征收方式，再改为查账征收方式的，其以前年度已确认未弥补的亏损可从再改为查账征收方式的年度起弥补，但弥补亏损期限以发生亏损年度的下一年开始计算，5年内不论盈亏或者改变征收方式，均连续计算弥补年限。
例如，某企业2010年为查账征收所得税企业，累计未弥补亏损150万元，其中：2008年亏损20万元，2009年亏损30万元，2010年亏损100万元。2011年采取核定征收，前期亏损不允许在2011年度税前弥补。其2012年又转为查账征收，实现利润50万元，2012年可弥补以前年度亏损50万元。2013年实现利润50万元，仍可弥补以前年度亏损50万元。
减征免征所得项目与应税项目的盈亏互抵
《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类，2014年版）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第63号）明示《关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函〔2010〕148号）作废。但是，新企业所得税申报表的《所得减免优惠明细表》（A107020）第7列“减免所得额”在填表说明明确：填报享受所得减免企业所得税优惠的企业，该项目按照税法规定实际可以享受免征、减征的所得额。本行＜0的，填写负数。且第40行第7列=表A100000第20行。而该列数据根据表内、表间关系要填到主表（A100000）第20行中，减去负数的“所得减免”实际是纳税调增。也就是说，企业免税项目亏损不能用应税项目所得弥补，应作纳税调增处理。
例如，某企业2013年应税项目所得100万元，当年取得符合免税条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益50万元，发生符合条件的技术转让损失为300万元。该公司2013年发生的技术转让损失300万元，不能用投资收益50万元进行弥补，只能用以后年度免税收入、减计收入以及减征、免征所得额来弥补；也不能用应税项目所得100万元来弥补，2013年应纳企业所得税=100×25%=25万元。
另外，除另有规定（企业合并、分立适用特殊性税务处理时亏损的继承弥补）外，境内企业之间、境内与境外企业之间、境外企业之间的盈亏不得互抵，但同一国家分支机构之间的盈亏允许互抵。企业在汇总缴纳企业所得税时，境内分支机构之间的盈亏允许互抵，境外同一国家（地区）分支机构之间的盈亏允许互抵，境外不同国家（地区）分支机构之间的盈亏也不得互抵。
资产损失追补确认出现亏损的弥补
《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）规定，企业因以前年度实际资产损失未在税前扣除而多缴的企业所得税税款，可在追补确认年度企业所得税应纳税款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度递延抵扣。企业实际资产损失发生年度扣除追补确认的损失后出现亏损的，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则，计算以后年度多缴的企业所得税税款，并按前款办法进行税务处理。
例如，某企业2011年度发生资产损失100万元，当年未能扣除。2011、2012年度汇算清缴纳税调整后所得分别为80万元、60万元，2011年应纳税额=80×25%=20（万元），2012年应纳税额=60×25%=15（万元）。2013年3月，企业向税务机关申请追补扣除该资产损失。为此，2011年度纳税调整后所得=80-100=-20（万元），无须纳税；2012年度应纳税额=（60-20）×25%=10（万元）。则该企业2011、2012年分别多缴企业所得税20万元、5万元。
查增应纳税所得额弥补以前年度亏损
《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号）规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。
被投资企业的亏损在投资方弥补
被投资企业的亏损不能在投资方扣除。《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第五条第二款规定，被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补；投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。例如，某公司投资另一企业，持有其30%股权，该公司采取权益法做账，2013年亏损1500万元，该公司在会计上调减了450万元会计利润。权益法确认的投资收益在税法上不做收入处理，对应的被投资企业的亏损也不允许在企业所得税前扣除。因此，该企业450万元应做纳税调增处理。
清算所得弥补企业以前年度亏损
《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）规定，企业清算中应依法弥补亏损，确定清算所得，企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。
例如，某企业2013年7月停止生产经营，并办理注销登记。注销前企业按规定办理了2013年度企业所得税汇缴，申报2013年度纳税调整后所得为-300万元。2008~2012年度纳税调整后所得分别为-250万元、-100万元、30万元、50万元、80万元。在注销前，企业按规定办理清算所得企业所得税计算申报，清算所得为1000万元。由于清算期间作为一个纳税年度，2008年度亏损只能在2013年度弥补，尚未弥补的亏损90万元（250-30-50-80）不能结转到清算期间弥补。
